El municipio de San Rafael, esta ubicado al oriente del departamento de Antioquia el la subregión de embalses. Limita al norte con los municpios de Alejandria y San Roque, al oriente con San Roque y San Carlos, al accidente con el municipio de Guatapé y poe el sur con el minicipio de San Carlos. La cabecera municipal se encuentra a 102 km de la ciudad de Medellín.
